NextGenAMR — un producto de Vanguard Biotech Systems
De inputs WGS soportados a evidencia de AMR revisable
NextGenAMR coordina un workflow bioinformático versionado: procesa la secuenciación de genoma completo de un aislado bacteriano dentro de su alcance soportado, organiza la evidencia relacionada con resistencia, aplica controles de calidad y alcance, conserva la provenance y produce outputs estructurados para revisión profesional.
Preview controlada · Validación en curso · No sustituye el AST fenotípico ni la decisión clínica autónoma.
Detectar evidencia genómica no es, por sí solo, una interpretación clínica. La ausencia de un marcador conocido no demuestra susceptibilidad. Los outputs deben revisarse junto con el contexto clínico y las pruebas aplicables.
Ciencia ampliamente usada, dentro de un sistema gobernado
Componentes externos
Herramientas bioinformáticas abiertas y consolidadas realizan tareas específicas — limpieza de lecturas, clasificación taxonómica, alineamiento, ensamblado, predicción de genes y detección de determinantes de resistencia. NextGenAMR no desarrolla estas herramientas; las integra, ejecuta y coordina.
La capa de sistema desarrollada por VBS
La capa desarrollada por VBS decide cómo se aceptan y verifican los inputs, qué perfiles y versiones pueden ejecutarse, qué puertas deben superarse, cómo los outputs heterogéneos se convierten en evidencia estructurada, cómo se aplica el alcance, cómo se relaciona la evidencia con el panel de antibióticos, cómo se producen warnings y abstenciones, cómo se conserva la provenance y cómo se produce un resultado coherente y revisable.
Inputs y precondiciones
La entrada es secuenciación de genoma completo (FASTQ paired-end) de aislados bacterianos cultivados dentro del alcance soportado.
El input soportado es secuenciación de genoma completo de lecturas cortas y paired-end (FASTQ) de un único aislado bacteriano cultivado, dentro del alcance publicado. No es una muestra clínica primaria ni metagenómica.
- Especie operativa
- Escherichia coli
- Panel de antibióticos
- 9 antibióticos
- Versión de alcance
- 2026.07.0 · 2026-07-15
- Un formato técnicamente aceptado no es lo mismo que un input dentro del alcance soportado.
- Un input dentro de alcance no garantiza alcanzar un resultado sin abstención — la calidad y la evidencia también deben ser suficientes.
- Un archivo legible puede rechazarse antes del análisis si no cumple el contrato requerido.
Esta página nunca invita a subir archivos. Los archivos para una evaluación se intercambian solo por un canal controlado acordado con VBS — nunca muestras, secuencias, identificadores ni datos de pacientes a través de la web.
El alcance operativo publicado actual es Escherichia coli, con un panel cerrado y específico de especie de 9 antibióticos. NextGenAMR es específico por especie por diseño y está construido para ampliarse; otras especies están en desarrollo interno y todavía no están disponibles.
El workflow, etapa a etapa
Siete etapas editoriales, derivadas del workflow productizado real. Algunos pasos son condicionales: el camino depende del tipo de lecturas, del organismo y del resultado de comprobaciones previas.
01Recepción controlada y preflight
- Finalidad
- Aceptar solo inputs y configuraciones que el workflow pueda procesar honestamente, y fijar exactamente qué se ejecutará.
- Entrada
- Un input soportado más el alcance solicitado, enviado por un canal controlado — nunca por la web pública.
- Operaciones principales
- Detectar el tipo de lecturas (paired-end / single-end), comprobar integridad, resolver el perfil de especie y verificar que la referencia y las bases de datos requeridas están presentes y con versión fijada.
- Herramientas externas
- Snakemake
- Controles desarrollados por VBS
- VBS define el contrato de entrada, la definición reproducible del workflow, el preflight de referencia/bases de datos (fail-closed si falta algo requerido) y la identidad de ejecución que vincula todo lo posterior.
- Salida
- Una ejecución validada y con versiones fijadas lista para continuar — o un rechazo claro.
- Warnings y modos de fallo
- Un archivo legible puede rechazarse aquí si no cumple el contrato, está fuera de alcance o si falta una base de datos requerida.
02Calidad y preparación de lecturas
- Finalidad
- Eliminar secuencia de baja calidad y adaptadores para que los pasos siguientes trabajen sobre lecturas limpias.
- Entrada
- Las lecturas de secuenciación en bruto del aislado.
- Operaciones principales
- Recortar y filtrar lecturas y producir métricas de calidad de lectura.
- Herramientas externas
- fastp
- Controles desarrollados por VBS
- VBS fija los parámetros, conserva las métricas de calidad como evidencia e interpreta la puerta de calidad que decide si la ejecución puede continuar.
- Salida
- Lecturas limpias y métricas de calidad de lectura registradas en la ejecución.
- Warnings y modos de fallo
- Una calidad de lectura insuficiente se marca y puede impedir que se emita un resultado.
03Identificación de especie y coherencia de alcancecondicional
- Finalidad
- Confirmar qué organismo contiene realmente la muestra y si está dentro del alcance soportado.
- Entrada
- Las lecturas limpias.
- Operaciones principales
- Clasificar lecturas por taxón, reestimar la especie dominante y — cuando la contaminación del hospedador supera un umbral — descartar lecturas humanas (paso condicional).
- Controles desarrollados por VBS
- Las herramientas producen clasificaciones; VBS decide cómo se vinculan con el perfil soportado, comprueba que las señales taxonómicas coinciden y se abstiene cuando la especie no está soportada, no coincide o tiene baja confianza.
- Salida
- Una decisión de especie confirmada con su confianza, o una abstención.
- Warnings y modos de fallo
- Un desajuste de especie, baja confianza, o evidencia taxonómica ausente o contradictoria conducen a una abstención segura en lugar de a un resultado forzado.
04Alineamiento a referencia y cobertura
- Finalidad
- Situar las lecturas sobre el genoma de referencia de la especie y medir cómo de bien se cubre el genoma.
- Entrada
- Las lecturas limpias (y, si procede, sin hospedador) y la referencia de especie pre-desplegada.
- Operaciones principales
- Indexar la referencia, alinear las lecturas y calcular métricas de cobertura y de calidad del alineamiento.
- Controles desarrollados por VBS
- VBS selecciona la referencia con versión fijada (desplegada de antemano, sin acceso a internet en ejecución), registra las métricas de cobertura y las lleva a la provenance de la ejecución.
- Salida
- Un genoma alineado con métricas de cobertura y calidad.
- Warnings y modos de fallo
- Una cobertura baja o una calidad de alineamiento pobre se registra y se propaga a decisiones de calidad posteriores.
05Ensamblado y calidad del genoma
- Finalidad
- Reconstruir un genoma borrador y comprobar que es lo bastante completo y no contaminado como para confiar en la evidencia posterior.
- Entrada
- Las lecturas recuperadas del alineamiento.
- Operaciones principales
- Ensamblar las lecturas en contigs y estimar la completitud y la contaminación del ensamblado.
- Controles desarrollados por VBS
- VBS ejecuta el ensamblado en modo de aislado único, aplica una puerta de calidad del genoma (completitud y contaminación) y propaga cualquier limitación a etapas posteriores — no trata una métrica de calidad como una garantía clínica.
- Salida
- Un genoma borrador y métricas de completitud y contaminación.
- Warnings y modos de fallo
- Un genoma que no supera la puerta de calidad puede suprimir el panel de antibióticos de esa ejecución.
06Predicción de genes y detección de evidencia AMR
- Finalidad
- Convertir el genoma en evidencia estructurada: genes, anotación funcional y determinantes de resistencia conocidos.
- Entrada
- El genoma borrador.
- Operaciones principales
- Predecir genes, asignar anotación funcional, caracterizar genes no resueltos de otro modo y detectar determinantes AMR conocidos y mutaciones puntuales.
- Herramientas externas
- PyrodigalSma3sDIAMONDAMRFinderPlus
- Controles desarrollados por VBS
- VBS normaliza los outputs heterogéneos de las herramientas en registros de evidencia consistentes con provenance — cada detección sigue siendo una pieza de evidencia, nunca una conclusión clínica automática.
- Salida
- Registros de evidencia normalizados: genes anotados, genes no resueltos y determinantes/mutaciones AMR.
- Warnings y modos de fallo
- Un marcador detectado es evidencia asociada a resistencia — su significado depende aún del organismo, el antibiótico, la calidad del dato y la revisión.
07Agregación, interpretación modelada y output revisable
- Finalidad
- Combinar la evidencia en un output calibrado y revisable dentro del panel soportado — o abstenerse.
- Entrada
- Los registros de evidencia normalizados.
- Operaciones principales
- Construir la representación de características por antibiótico, ejecutar la capa de modelos gobernada, aplicar reglas de alcance y calidad, y ensamblar el contrato de resultado, el informe y la provenance.
- Herramientas externas
- Capa desarrollada por VBS
- Controles desarrollados por VBS
- Esta es la capa desarrollada por VBS: un ensemble calibrado de seis modelos por antibiótico, mapeo de alcance y panel, warnings y abstención, y un único contrato de resultado validado que prohíbe la categoría S/I/R — más la provenance y la integridad que lo hacen revisable.
- Salida
- Para cada antibiótico en alcance, una probabilidad de resistencia calibrada; JSON estructurado + PDF + provenance de la ejecución para revisión profesional.
- Warnings y modos de fallo
- El output nunca es una categoría S/I/R ni una recomendación de tratamiento; cuando no se cumplen las condiciones, el sistema se abstiene.
Componentes externos
Las herramientas de terceros que NextGenAMR integra, cada una con su función y la etapa en la que interviene. Son integradas y coordinadas — no desarrolladas — por VBS. Sus outputs se conservan o transforman de forma controlada, y las decisiones posteriores se toman sobre contratos normalizados.
Las versiones exactas de herramientas y bases de datos se fijan por ejecución y se registran en la provenance de cada resultado; aquí mostramos la versión pública del workflow. v2.0.0
| Herramienta | Función | Proyecto | Ejecución |
|---|---|---|---|
| SnakemakeMIT | Motor de workflow que ejecuta las etapas en un orden definido y reanudable. VBS desarrolla encima la definición gobernada del workflow; el motor la ejecuta. | Snakemake community | Cada ejecución |
| fastpMIT | Limpia y recorta las lecturas de secuenciación y reporta métricas de calidad de lectura. | OpenGene | Cada ejecución |
| Kraken2MIT | Asigna lecturas a taxones para identificar qué organismo contiene la muestra. | Derrick Wood / Johns Hopkins | Cada ejecución |
| BrackenGPL-3.0 | Reestima la abundancia a nivel de especie a partir del informe de Kraken2 para hallar la especie dominante. | Jennifer Lu et al. | Cada ejecución |
| minimap2MIT | Alinea lecturas contra una referencia humana para poder descartar lecturas del hospedador cuando superan un umbral (condicional). | Heng Li | Condicional |
| SAMtoolsMIT/Expat | Utilidad de apoyo para ordenar, indexar y convertir los ficheros de alineamiento usados en el workflow. | SAMtools / htslib | Cada ejecución |
| BWA-MEM2MIT | Alinea las lecturas limpias contra el genoma de referencia de la especie. | bwa-mem2 | Cada ejecución |
| QualimapGPL-2.0 | Calcula métricas de calidad de alineamiento y cobertura del genoma mapeado. | Qualimap (CIPF/Conesa lab) | Cada ejecución |
| SPAdesGPL-2.0 | Ensambla las lecturas en contigs (un genoma borrador) en modo de aislado único. | SPAdes (ABLab) | Cada ejecución |
| CheckM2GPL-3.0 | Estima la completitud y la contaminación del ensamblado como control de calidad del genoma. | CheckM2 (Chklovski et al.) | Cada ejecución |
| PyrodigalGPL-3.0 | Predice genes codificantes de proteínas a partir del genoma ensamblado. | Martin Larralde (Prodigal) | Cada ejecución |
| Sma3sAcademic use — see project | Asigna anotación funcional a las proteínas predichas. | Sma3s (Universidad Pablo de Olavide) | Cada ejecución |
| DIAMONDGPL-3.0 | Búsqueda rápida de secuencias proteicas, usada para caracterizar genes no resueltos por la anotación funcional. | Benjamin Buchfink | Cada ejecución |
| AMRFinderPlusNCBI — public domain | Detecta determinantes conocidos de resistencia antimicrobiana y mutaciones puntuales a partir de las proteínas predichas. | NCBI | Cada ejecución |
La capa de sistema desarrollada por VBS
Vanguard Biotech Systems desarrolla NextGenAMR, una plataforma de software bioinformático que procesa datos WGS compatibles de aislados bacterianos dentro de su alcance soportado, organiza evidencia genómica relacionada con resistencia antimicrobiana, conserva la trazabilidad de cada ejecución y genera resultados revisables por profesionales. NextGenAMR se encuentra en evaluación controlada y validación en curso. No se presenta como un sistema autónomo de diagnóstico, como sustituto del AST fenotípico ni como una herramienta que seleccione tratamientos.
El valor que aporta NextGenAMR no es un único algoritmo; es un conjunto coordinado de contratos, controles y decisiones que convierten herramientas y outputs heterogéneos en una ejecución reproducible y revisable. No elimina el error, no garantiza exactitud ni sustituye la revisión humana.
Ejecución científica
- Contrato de entrada y comprobaciones de recepción
Define qué es un input válido y rechaza lo que no lo cumple antes de ejecutar ningún análisis.
- Workflow reproducible y versionado
Una definición de workflow gobernada sobre el motor, ejecutada de forma aislada por ejecución, para que el mismo input y versiones reproduzcan los mismos pasos.
- Fijación de componentes y bases de datos
Selecciona y fija la versión de herramientas, genoma de referencia y bases de datos de antemano, sin acceso a internet en ejecución.
- Verificación de preflight
Verifica que las bases de datos requeridas están presentes y con integridad comprobada antes de continuar; un conjunto reducido de bases de datos no puede presentarse como el completo.
- Puertas de calidad
Puertas de calidad de lectura y de genoma que pueden marcar una ejecución o impedir que produzca un panel.
- Control de alcance
Resuelve el perfil de especie y solo deja continuar el alcance soportado; los inputs fuera de alcance se abstienen.
- Normalización de evidencia
Mapea los outputs heterogéneos de las herramientas en registros de evidencia consistentes y con provenance.
Gobernanza del producto
- Mapeo de panel y contexto
Relaciona la evidencia con el panel de antibióticos soportado y versionado de la especie.
- Ensemble de modelos gobernado
Un ensemble calibrado de seis modelos por antibiótico, versionado y sellado en el resultado — su diseño interno no se publica.
- Warnings y abstención segura
Emite warnings diseñados y se abstiene — sin emitir decisión — ante causas distintas en lugar de forzar una respuesta.
- Provenance y trazabilidad
Vincula versiones de herramientas, bases de datos y modelos, hashes, timestamps, id de ejecución y decisiones de calidad y alcance a cada resultado.
- Contrato de resultado validado
Un único contrato de resultado validado que rechaza emitir un panel en una ejecución abstenida y prohíbe la categoría S/I/R.
- Outputs revisables con integridad comprobada
JSON y PDF consistentes más provenance, con un hash de contenido para que un tercero independiente confirme que el informe corresponde exactamente a un resultado.
Modelos, ensembles y abstención
Para cada antibiótico en alcance, la salida del modelo es una estimación de la probabilidad de resistencia calibrada — nunca una categoría susceptible/intermedio/resistente (S/I/R).
Para cada antibiótico en alcance, la capa gobernada combina varias señales modeladas en una probabilidad de resistencia calibrada. El diseño interno — las familias de modelos, parámetros, características, umbrales y calibración — no se publica. El sistema aplica reglas de alcance y calidad antes de emitir nada.
Por antibiótico: un ensemble calibrado de 6 modelos.
Los estados en que puede terminar una ejecución
La abstención es un comportamiento diseñado, distinto de un warning, de un fallo técnico y de un input fuera de alcance.
El sistema se abstiene de forma segura — no emite ninguna decisión — cuando una especie o muestra queda fuera de su alcance publicado, o cuando la calidad del input o la evidencia son insuficientes.
- Resultado
Se emite una probabilidad de resistencia calibrada para cada antibiótico del panel soportado.
- Abstención
No se emite decisión porque la especie o muestra queda fuera del alcance publicado, no coincide o tiene baja confianza. Es un comportamiento diseñado, no un error oculto.
- Todavía no disponible
Una especie candidata se reconoce pero todavía no se ofrece porque sus componentes de modelo no están completos.
- Marcado por calidad
La ejecución se marca y el panel puede suprimirse cuando la calidad de lectura o de genoma es insuficiente.
- Warning
Un aviso no bloqueante registrado junto a un resultado para informar la revisión profesional.
- Fallo técnico
Un fallo técnico se reporta como tal; no se sirve ningún resultado parcial ni no verificable.
Cómo se conecta la evidencia
Un flujo de evidencia y relaciones — no causalidad clínica. Un marcador detectado no conduce directa e inevitablemente a una decisión terapéutica.
01Input genómico
Secuenciación de genoma completo soportada de un aislado bacteriano cultivado, dentro de alcance.
02Evidencia detectada
Genes, determinantes de resistencia, mutaciones y señales detectados en el genoma.
03Contexto antibiótico
El panel de antibióticos soportado con el que se relaciona cada pieza de evidencia.
04Análisis agregado
Evidencia normalizada combinada por la capa de modelos gobernada en probabilidades calibradas.
05Output de revisión
Outputs estructurados y provenance preparados para revisión profesional — no una decisión clínica.
El grafo muestra flujo y relaciones, no causalidad clínica.
Evidencia genómica frente a interpretación clínica
- Un gen, variante o señal detectado es evidencia que puede estar asociada con resistencia. Su significado depende del organismo, el antibiótico, el mecanismo, la calidad del dato, el alcance y el conocimiento disponible.
- La ausencia de una señal conocida no significa automáticamente susceptibilidad. La evidencia también puede ser discordante o insuficiente — y NextGenAMR puede advertir o abstenerse.
- Los resultados deben revisarse junto con otras pruebas, incluido el AST fenotípico cuando sea aplicable, por profesionales cualificados en el contexto correspondiente.
NextGenAMR no sustituye a las pruebas fenotípicas de sensibilidad antimicrobiana (AST). Los resultados genómicos deben interpretarse junto con el AST, el contexto microbiológico y los procedimientos aplicables.
Qué sale
Cada ejecución conserva procedencia y metadatos de ejecución y produce resultados estructurados y auditables para revisión profesional (JSON y PDF).
- Probabilidad de resistencia calibrada: Una probabilidad de resistencia calibrada por antibiótico (0–1). Nunca una categoría S/I/R ni una recomendación terapéutica.
- Informe estructurado JSON: Resultados por antibiótico legibles por máquina, con evidencia y provenance.
- Informe PDF: Informe legible que incluye los avisos de validación interna y no uso clínico y un hash de informe.
- Provenance de la ejecución: Versiones de pipeline y bases de datos y un hash de informe, para auditabilidad y reproducibilidad.
Cada ejecución conserva provenance — versiones de herramientas y bases de datos, hashes y un hash de contenido del informe — para que un revisor independiente confirme que un informe corresponde exactamente a un resultado. El PDF y la interfaz son para revisión profesional; no son un informe clínico definitivo.
Seguridad y despliegue →Estado y validación
NextGenAMR es una plataforma funcional en preview controlada. Su validación continúa en curso y no se presenta como un sistema autónomo de diagnóstico ni de decisión terapéutica.
NextGenAMR se encuentra en evaluación controlada y validación interna, no clínica. Los resultados de validación no se han publicado y no deben inferirse.
No se han publicado métricas de rendimiento clínico (sensibilidad, especificidad, concordancia categórica, VME/ME, exactitud). La evaluación de rendimiento está en curso.
Evidencia y estado de validación →