Vanguard Biotech Systems
NextGenAMR convierte la secuenciación de genoma completo bacteriano, dentro de su alcance publicado, en interpretación de resistencia antimicrobiana interpretable y trazable — una capa de infraestructura controlada para los laboratorios, hospitales y redes de vigilancia de la era genómica. La interpretación es específica por especie; el alcance operativo actual es Escherichia coli.
NextGenAMR es una plataforma funcional en preview controlada. Las pruebas internas no clínicas están en curso y un programa de validación independiente está en preparación; no se publican resultados de rendimiento independientes. El producto no se presenta como un sistema autónomo de diagnóstico ni de decisión terapéutica.
Preview controlada. NextGenAMR está en pruebas internas no clínicas; la validación independiente está en preparación. La demostración pública es una reproducción técnica ilustrativa de la salida del producto para E. coli — no una muestra real de paciente ni clínica. Se presenta exclusivamente con finalidad ilustrativa, muestra una probabilidad de resistencia estimada por el modelo (nunca una categoría S/I/R) y no constituye un informe clínico. NextGenAMR no se presenta como un sistema autónomo de diagnóstico ni de decisión terapéutica.
| Antibiótico | Estimación del modelo | Evidencia |
|---|---|---|
| Amoxicilina–ácido clavulánico | Elevada | blaTEM-1B |
| Ampicilina | Elevada | blaTEM-1B |
| Ciprofloxacino | Elevada | gyrA S83L · parC S80I |
| Ceftazidima | Sin marcador detectado | marcador no detectado; no implica sensibilidad |
| Gentamicina | Sin marcador detectado | marcador no detectado; no implica sensibilidad |
| Meropenem | Sin marcador detectado | marcador no detectado; no implica sensibilidad |
| Nitrofurantoína | Sin marcador detectado | marcador no detectado; no implica sensibilidad |
| Piperacilina–tazobactam | Sin marcador detectado | marcador no detectado; no implica sensibilidad |
| Trimetoprima–sulfametoxazol | Elevada | sul1 · dfrA17 |
- Genes AMR7
- Mutaciones puntuales3
- Replicones plasmídicos2
- Cobertura media82×
- pipeline · ngamr-core@0.4.2
- db · card-2025.09 · resfinder-2025.10
- operador · lab.ops/41
- inicio · 2026-06-19 09:14 UTC
- Región de baja cobertura marcada para revisión.
- Ausencia de marcador ≠ sensibilidad; se abstiene fuera de alcance — sin decisión.
Reproducción técnica ilustrativa — no una muestra real de paciente ni un diagnóstico clínico.
La interpretación genómica de AMR hoy se reparte a menudo entre scripts desconectados, bases de datos, hojas de cálculo y juicio manual. Los workflows compuestos por múltiples herramientas pueden dificultar el mantenimiento de versiones, provenance, handoffs e informes consistentes entre equipos y ejecuciones. NextGenAMR reúne ese trabajo en una única capa auditable.
Fragmentado hoy
Una capa de inteligencia
- 1Ingesta de WGS del aislado
- 2Interpretar con evidencia
- 3Trazar cada paso
- 4Emitir informe auditable
Un flujo en lugar de una cadena de herramientas fragmentada entre equipos y ejecuciones.
Cada resultado lleva su evidencia, versiones y procedencia.
Diseñada para control de acceso en entornos institucionales.
Observa cómo un aislado demo atraviesa el sistema. Cada etapa comprueba, transforma y añade evidencia — de las lecturas brutas a un resultado estructurado por antibiótico. Es una simulación visual del flujo, no un análisis real.
- 01Control de calidad✓ hecholecturas filtradas · adaptadores recortadoslecturas que pasan QC 98.7%
- 02Confirmación taxonómica✓ hechoespecie confirmada dentro del alcanceasignación Escherichia coli 99.2%
- 03Depleción de host✓ hecholecturas humanas eliminadaslecturas host eliminadas 0.4%
- 04Ensamblado y QC de ensamblado✓ hechogenoma borrador ensambladocobertura media 82×
- 05Anotación de genes✓ hechosecuencias codificantes predichasCDS predichas 4,721
- 06Detección AMR✓ hechomarcadores de resistencia identificadosgenes AMR · mutaciones 7 · 3
- 07Interpretación e informeen cursoprobabilidad estimada por el modelo por antibióticopanel de antibióticos 9
Selecciona una capa, o pasa el cursor sobre un nodo, para seguir cómo se conecta la evidencia — del genoma, a los marcadores encontrados, a los antibióticos que afectan, a una interpretación por fármaco, hasta la inteligencia de vigilancia.
El grafo completo de evidencia.
grafo en línea- Genoma del aislado→blaTEM-1B
- Genoma del aislado→gyrA S83L
- Genoma del aislado→parC S80I
- Genoma del aislado→sul1
- Genoma del aislado→dfrA17
- blaTEM-1B→Ampicilina
- gyrA S83L→Ciprofloxacino
- parC S80I→Ciprofloxacino
- sul1→Trimetoprima–sulfametoxazol
- dfrA17→Trimetoprima–sulfametoxazol
- Ampicilina→Interpretación
- Ciprofloxacino→Interpretación
- Trimetoprima–sulfametoxazol→Interpretación
- Interpretación→Vigilancia
Grafo ilustrativo basado en la reproducción técnica ECOLI_DEMO_001 — no una muestra real de paciente ni un resultado clínico.
Modelo de relaciones para el aislado demo ECOLI_DEMO_001:
- Genoma del aislado → blaTEM-1B (genome)
- Genoma del aislado → gyrA S83L (genome)
- Genoma del aislado → parC S80I (genome)
- Genoma del aislado → sul1 (genome)
- Genoma del aislado → dfrA17 (genome)
- blaTEM-1B → Ampicilina (resistance)
- gyrA S83L → Ciprofloxacino (resistance)
- parC S80I → Ciprofloxacino (resistance)
- sul1 → Trimetoprima–sulfametoxazol (resistance)
- dfrA17 → Trimetoprima–sulfametoxazol (resistance)
- Ampicilina → Interpretación (clinical)
- Ciprofloxacino → Interpretación (clinical)
- Trimetoprima–sulfametoxazol → Interpretación (clinical)
- Interpretación → Vigilancia (surveillance)
Las superficies que produce NextGenAMR: interpretación, provenance, acceso, integridad de bases de datos, evidencia y la frontera de revisión profesional. Se muestran como una reproducción técnica ilustrativa de la salida del producto para E. coli — no una muestra real de paciente ni clínica, con finalidad exclusivamente ilustrativa, no un informe clínico.
- pipelinengamr-core@0.4.2
- dbcard-2025.09
- resfinder-2025.10
- operatorlab.ops/41
- started2026-06-19 09:14 UTC
- readsfastq.gz · paired-end
- CARD 2025.09✓ verificado
- ResFinder 2025.10✓ verificado
- PointFinder 2025.10✓ verificado
Apoya a profesionales de laboratorio cualificados bajo supervisión humana. No sustituye al AST fenotípico ni es un diagnóstico autónomo.
NextGenAMR convierte la secuenciación de genoma completo bacteriano en interpretación estructurada y trazable de la resistencia, dentro de su alcance publicado. Cada aislado se identifica taxonómicamente, y la interpretación es específica por especie — cada especie soportada con su propio panel de antibióticos y conjunto de modelos. El alcance operativo actual es Escherichia coli, con un panel cerrado de 9 antibióticos; otras especies están en desarrollo interno.
La AMR no es un problema abstracto. Es medible.
Una plataforma específica por especie
Arquitectura de plataformaNextGenAMR no está construido alrededor de un único organismo: una capa agnóstica de especie identifica el aislado, y la interpretación es específica por especie — cada especie soportada con su propio panel de antibióticos, espacio de características y conjunto de modelos. El alcance operativo actual es Escherichia coli; otras especies están en desarrollo interno, y cada decisión se traza de principio a fin.
Clasificación taxonómica de entradas WGS de aislados cultivados compatibles (kraken2 / Bracken), con umbral de confianza de especie.
Paneles de antibióticos por especie y un ensemble de seis modelos por par especie–antibiótico, que emite probabilidades de resistencia estimadas por el modelo.
Cada decisión lleva su evidencia, versiones y procedencia en informes auditables y reproducibles (JSON + PDF).
NextGenAMR está en validación interna, no clínica. Las salidas son probabilidades de resistencia estimadas por el modelo — no una categoría S/I/R ni un diagnóstico clínico.
Muertes globales estimadas directamente atribuibles a la resistencia antimicrobiana bacteriana en 2019.
Muertes globales estimadas asociadas a la resistencia antimicrobiana bacteriana en 2019.
Muertes anuales estimadas en la UE/EEE causadas directamente por infecciones resistentes a antimicrobianos.
Coste anual aproximado de la AMR (USD PPA) en 34 países OCDE / UE / EEE, incluyendo el impacto en los sistemas de salud y económico en general.
Patógenos bacterianos de la Lista de Patógenos Bacterianos Prioritarios de la OMS de 2024 — una lista de prioridades para I+D, no una lista de especies soportadas por NextGenAMR.
Incidencia estimada en la UE/EEE por 100.000 habitantes de infecciones del torrente sanguíneo por Escherichia coli resistente a cefalosporinas de tercera generación (ECDC EARS-Net).
Carga global de AMR, 2019
Muertes directamente atribuibles a la AMR bacteriana frente a muertes asociadas a la AMR bacteriana.
Específico por especie por diseño
NextGenAMR aborda la interpretación de AMR como un problema específico por especie: cada especie bacteriana soportada tiene su propio panel de antibióticos, espacio de características, conjunto de modelos y lógica de interpretación. El alcance operativo publicado actual es Escherichia coli, con un panel cerrado de 9 antibióticos; otras especies están en desarrollo interno. La arquitectura es específica por especie por diseño y está construida para ampliarse; cada aislado se identifica taxonómicamente y el sistema se abstiene de forma segura cuando una especie queda fuera de su alcance publicado.
- Paneles de antibióticos por especie
- Un conjunto de modelos por par especie–antibiótico
- Se abstiene donde una especie queda fuera de alcance
Aumento de la incidencia en la UE de infecciones del torrente sanguíneo por E. coli resistente a cefalosporinas de tercera generación en 2024 frente a 2019.
Aumento de la incidencia en la UE de infecciones del torrente sanguíneo por Klebsiella pneumoniae resistente a carbapenémicos en 2024 frente a 2019. Solo contexto epidemiológico — K. pneumoniae no está en el alcance operativo de NextGenAMR.
Alcance de la plataforma NextGenAMR
Específico por especie por diseño: la capa taxonómica identifica el aislado, y cada especie soportada se interpreta con su propio panel de antibióticos y conjunto de modelos. El alcance operativo publicado actual es Escherichia coli; el sistema se abstiene cuando una especie queda fuera de alcance.
Taxonomía sobre aislados bacterianos; paneles de antibióticos, espacios de características y conjuntos de modelos específicos por especie. Alcance publicado actual: Escherichia coli; otras especies en desarrollo interno.
Cada especie tiene su propio panel de antibióticos definido y cerrado — no una lista global única.
Ensemble — regresión logística, random forest, gradient boosting, red neuronal, stacking y calibración de probabilidad.
De las lecturas de secuenciación brutas a un informe AMR estructurado y trazable (JSON + PDF).
Diseñado en torno a la secuenciación de genoma completo de aislados cultivados.
Construido en torno a la procedencia, la ejecución controlada del flujo y la auditabilidad.
Panel de antibióticos por especie — ejemplo
Los paneles de antibióticos son específicos por especie. El panel de abajo se muestra para una especie como ejemplo técnico — cada especie define el suyo.
| Antibiótico | Estado |
|---|---|
| Amoxicilina–ácido clavulánico | Ejemplo |
| Ampicilina | Ejemplo |
| Ciprofloxacino | Ejemplo |
| Ceftazidima | Ejemplo |
| Gentamicina | Ejemplo |
| Meropenem | Ejemplo |
| Nitrofurantoína | Ejemplo |
| Piperacilina–tazobactam | Ejemplo |
| Trimetoprima–sulfametoxazol | Ejemplo |
Métricas de validación a seguir
Las salidas son probabilidades de resistencia estimadas por el modelo bajo una postura de solo validación interna — todavía no se publican métricas de desempeño clínico. Antes de expandir, la prioridad es la validación, la reproducibilidad y la fiabilidad operativa.
| Métrica | Estado actual | Por qué importa |
|---|---|---|
| Número de aislados evaluados | Validación interna en curso | Define el tamaño del conjunto de validación |
| Cobertura de especies | E. coli operativa · por especie | Paneles, modelos e interpretación por especie; más en desarrollo interno |
| Antibióticos evaluados | Paneles por especie | Cada especie tiene su propio panel de antibióticos definido |
| Semántica de salida | Probabilidad estimada por el modelo | Probabilidad de resistencia, nunca una categoría S/I/R |
| Concordancia con AST de referencia | A informar tras la validación | Mide la concordancia genotipo–fenotipo |
| Errores mayores | A registrar | Crítico para el análisis de seguridad |
| Errores muy mayores | A registrar | Crítico para el riesgo de clasificación errónea resistente/sensible |
| Ejecuciones fallidas | A registrar | Mide la fiabilidad operativa |
| Tiempo de ejecución mediano | A medir en las muestras piloto | Muestra el rendimiento de ejecución real |
| Completitud de la procedencia | Integrada en el flujo | Favorece la auditabilidad y la reproducibilidad |
Las cifras de salud pública son estimaciones externas de la OMS, el ECDC y la OCDE (contexto epidemiológico, no rendimiento de NextGenAMR), catalogadas con organismo, año y ámbito poblacional en la fuente única de citas (src/domain/evidence/amr-sources.ts); fuentes consultadas el 2026-07-15. Las métricas de producto describen el alcance actual de la plataforma NextGenAMR y no deben interpretarse como afirmaciones de validación clínica.
Análisis específico por especie
Identificación taxonómica sobre distintos aislados bacterianos, con interpretación AMR específica por especie — cada una con su propio panel de antibióticos y conjunto de modelos — y abstención segura cuando una especie queda fuera de alcance.
Informes centrados en AMR
Salidas estructuradas diseñadas en torno a la evidencia de resistencia antimicrobiana e informes legibles.
Trazabilidad del pipeline
Diseñado para preservar la procedencia, los metadatos de ejecución y la reproducibilidad.
Control de calidad
Las comprobaciones de calidad, contaminación y flujo ayudan a detectar entradas débiles o inválidas.
Arquitectura segura
Construido con mentalidad security-first para control de acceso, auditabilidad y despliegue responsable.
Conciencia del flujo clínico
Diseñado pensando en laboratorios, equipos de microbiología y entornos hospitalarios.
Revisión rápida
Una interfaz limpia que ayuda a pasar rápidamente de los resultados a su comprensión.
Base expandible
Específico por especie por diseño, construido para evolucionar entre organismos, paneles y necesidades institucionales a medida que se amplía el alcance publicado.
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Laboratorios hospitalarios
Apoyo a la revisión genómica AMR y a flujos de informes estructurados.
Hablemos de este escenarioEquipos de microbiología
Organiza la evidencia de resistencia en un formato más claro y utilizable.
Hablemos de este escenarioVigilancia en salud pública
Ayuda a transformar datos genómicos en inteligencia AMR comparable y auditable.
Hablemos de este escenarioGrupos de investigación
Acelera el análisis exploratorio de AMR con un flujo enfocado y reproducible.
Hablemos de este escenarioProgramas piloto
Despliega una plataforma controlada para evaluación institucional y proyectos de innovación AMR.
Hablemos de este escenarioCada resultado debe ser explicable, cada acción trazable, cada despliegue controlado. La confianza no es un sello en esta página — es cómo está construido el sistema. Los estados de abajo son honestos: lo que está diseñado, lo que es un límite aplicado y lo que aún está en el roadmap.
NextGenAMR está en validación interna, no clínica. No cuenta con certificación regulatoria (CE-IVD, IVDR, ISO 13485, FDA); su documentación técnica se prepara teniendo en cuenta los futuros requisitos IVDR. La integridad de auditoría es tamper-evident — los cambios son detectables, no impedidos — y el software no sustituye al AST fenotípico ni al juicio del clínico.
Vanguard Biotech Systems (VBS) es una empresa de software biotech que construye infraestructura bioinformática segura para la resistencia antimicrobiana genómica. Su convicción: la interpretación de la AMR no debería quedar atrapada entre herramientas fragmentadas, flujos lentos y procesos que nadie puede auditar. NextGenAMR es el primer producto de VBS — una capa controlada y species-aware donde se unen la bioinformática, la interpretación por machine learning, el diseño con conciencia de seguridad y la trazabilidad — y la base sobre la que la empresa construye hacia flujos más amplios de genómica bacteriana y vigilancia.
No estamos construyendo otro dashboard. Estamos construyendo la capa operativa para la inteligencia AMR.
Mínimo por diseño. Riguroso por defecto. Sistemas que parecen simples porque la complejidad ha sido controlada.
Juan Manuel Gómez Vargas fundó Vanguard Biotech Systems para construir NextGenAMR — infraestructura que convierte la secuenciación de genoma completo bacteriano en interpretación trazable de la resistencia antimicrobiana. Su foco: bioinformática rigurosa, diseño con conciencia de seguridad e interpretación honesta y auditable, sin humo.
Ver el perfil del fundador¿Qué es NextGenAMR?
NextGenAMR es una plataforma de software específica por especie de Vanguard Biotech Systems que convierte la secuenciación de genoma completo bacteriano (WGS), dentro de su alcance publicado, en una interpretación estructurada y trazable de la resistencia antimicrobiana (AMR) — del control de calidad y la taxonomía a la interpretación AMR específica por especie (cada especie soportada con su propio panel de antibióticos y conjunto de modelos) y el informe auditable. Su alcance operativo actual es Escherichia coli.
¿Para quién está diseñado NextGenAMR?
Laboratorios de microbiología clínica, hospitales, instituciones de investigación y redes de salud pública / vigilancia de AMR que trabajan con datos genómicos bacterianos y necesitan una interpretación de resistencia estructurada y trazable.
¿Está NextGenAMR validado clínicamente?
No. NextGenAMR es software que genera resultados para revisión profesional, no un diagnóstico clínico ni un producto sanitario con marcado regulatorio. Está en desarrollo activo y en validación interna, no clínica; las demostraciones públicas son reproducciones técnicas ilustrativas de la salida del producto para E. coli — no muestras reales de pacientes. No cuenta con certificación CE/IVDR/ISO, no sustituye al antibiograma fenotípico (AST) y el juicio clínico permanece en manos de profesionales cualificados.
¿Sustituye NextGenAMR al juicio clínico?
No. Estructura y traza la evidencia genómica para apoyar a los expertos; la interpretación y las decisiones clínicas siguen siendo de los clínicos y microbiólogos responsables.
¿Qué organismos están actualmente en alcance?
NextGenAMR es específico por especie por diseño: su capa taxonómica identifica el aislado, y la interpretación AMR es específica por especie — cada especie soportada con su propio panel de antibióticos, espacio de características y conjunto de modelos. El alcance operativo publicado actual es Escherichia coli, con un panel cerrado de 9 antibióticos; otras especies están en desarrollo interno y todavía no están disponibles. Cuando una especie queda fuera del alcance publicado, el sistema se abstiene de forma segura. Las demostraciones públicas muestran outputs generados a partir de muestras bacterianas reales utilizadas en pruebas internas, con Escherichia coli como ejemplo.
¿Cómo puede una institución ponerse en contacto?
Abrimos evaluaciones no clínicas caso por caso. Las instituciones pueden escribirnos desde la página de contacto; cada solicitud se revisa por encaje institucional y preparación para una evaluación no clínica.
NextGenAMR está en validación interna, no clínica. Estamos abriendo conversaciones con instituciones clínicas, de investigación y de vigilancia interesadas en una evaluación controlada y no clínica en el futuro. Cuéntanos tu contexto — revisamos cada solicitud manualmente por encaje institucional y preparación para la evaluación.
- vanguardbiotechsystems@gmail.com
- Ubicación
- Granada, España
- Enfoque
- AMR · WGS · Bioinformática clínica
Abrimos evaluaciones controladas y no clínicas caso por caso. Cuéntanos tu contexto desde la página de contacto — no pedimos datos de pacientes, muestras, secuencias ni resultados.
Este proyecto no existiría sin las personas que hay detrás. Al equipo — Ángel, Alejandro, Juan Carlos e Irene — por el trabajo, el cuidado y las horas. A José Luis, por confiar en él cuando solo era una idea. A mi familia, y sobre todo a mis padres, por todo. Y a todas las personas que, directa o indirectamente, han hecho posible NextGenAMR — gracias, siempre.